Lisans bedeli tarafların anlaşmasına göre belirlenir. Sabit ödeme, satışa bağlı ödeme veya bunların birlikte kullanılması kararlaştırılabilir. Hesaplama satış tutarına bağlıysa iadelerin, indirimlerin ve vergilerin hesaba nasıl katılacağı açıklanmalıdır. Bölge, kullanım kapsamı, münhasırlık ve marka sahibinin üstlendiği destek yükümlülükleri de ticari görüşmenin konusudur; bütün sözleşmeler için geçerli tek bir lisans bedeli tarifesi bulunmaz.
Taraflar arasında kararlaştırılan kullanım bedeliyle TÜRKPATENT nezdindeki işlemlere ait resmi ücret kalemleri farklıdır. Sözleşmede bunları kimin karşılayacağı ayrı ayrı yazılmalıdır. Ayrıca satış raporlarının teslim zamanı, kayıtların incelenmesi ve eksik ödeme hâlinde izlenecek yöntem belirlenmelidir. Böylece yalnızca ödenecek tutar değil, bu tutarın nasıl doğrulanacağı da açıklığa kavuşur ve ödeme dönemlerinde farklı hesaplamalardan doğabilecek anlaşmazlıklar azaltılabilir.